Maltské souostroví leží ve strategické poloze ve Středozemním moři 95 km jižně od Sicílie a 290 km východně od Tuniska. Skládá se z následujících obydlených ostrovů: Malta, 246 km², Gozo (Ghawdex), 67 km² (kolem 30 000 obyvatel) Comino (Kemmuna), 3 km² (obydlen především během turistické sezóny). K Maltě náleží i tři neobydlené ostrůvky Cominotto, Filfla Island a St. Paul's Island. Ostrovy jsou pozůstatkem dřívějšího pozemského spojení mezi Afrikou a Evropou, které bylo před asi 11 000 lety přerušeno vzestupem mořské hladiny.
Převážná většina pobřeží všech ostrovů je skalnatá. Povrch se skládá z různých druhů propustného vápence, který se používá i jako stavební materiál. Geograficky i geologicky náleží Malta k Evropě. Malta má silně omezené zásoby sladké vody - podle údajů OSN je na vodu nejchudší zemí na světě. Zásobování obyvatelstva vodou je uskutečňováno dnes celkem čtyřmi stanicemi na přípravu z mořské vody, parky a zemědělství užívají dešťovou vodu a částečně vodu ze studní.